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今天各种新闻报道美国发现了第一例此前最先在英国发现的20B/501Y.V1毒株，全是breaking news，我就纳闷有啥好breaking，基本上毫无疑问，后续美国也很有可能会发现最先在南非发现的20C/501Y.V2毒株，因为N501Y大大增强了毒株的传播能力，E484K还增加了毒株的逃逸能力，保不齐以美国的环境会自己演化出来（或其他）也不一定，这没什么好breaking的。
为什么美国迟迟没有报道，很多人认为其中一个重要的原因就是20B/501Y.V1检测时会出现S dropout，什么意思呢？众所周知，20B/501Y.V1包含S蛋白的Δ69/70缺失突变，此前英国检测时，基于全国的高通量检测系统其中有三个实验室采用的是三靶点检测（N、ORF1ab、S），发现单单针对S靶点的阳性率变低，这种情况从11月下旬开始急剧增加，后来发现在这些其他靶点阳性、S靶点阴性的样本中，大于99%都包含Δ69/70，仅有低于0.1%的20B/501Y.V1样本是S靶点阳性，研究人员把这种情况称为S-gene target failure (SGTF)，即“S基因靶向失效”，对SGTF的样本进行测序也缺失发现了Δ69/70，证实了这一结论，推测原因可能是由于Δ69/70的出现，导致qPCR探针无法结合或结合力显著下降。
当然也不是只有20B/501Y.V1包含Δ69/70，如p1所示，在Δ69/70中，黄色的部分为20B/501Y.V1，然而，SGTF出现的频率与20B/501Y.V1的频率显著相关，而与其他包含Δ69/70的毒株无关（p2），截至11月下旬，20B/501Y.V1几乎代表了所有的Δ69/70（p3）。
法国团队也独立报道了SGTF的现象（p4），而Helix测试了200万个来自美国各地的样本中SGTF的流行程度。发现从10月初开始，SGTF的频率开始上升，在第一周，每天的COVID-19阳性样本中有0.25%出现SGTF。随着时间的推移，直到上周，SGTF的比例已经和Δ69/70的比例一致，达到0.5%。目前已在19个州观察到了SGTF的COVID-19阳性样本，最近在美东地区有所扩大，集中在MA、OH和FL（p5）。
这完全符合自然规律，最初采用多靶点检测本就是为了尽可能避免假阳性假阴性，增强灵敏性和特异性，这一毒株对核酸检测的影响给研究人员提了个醒，理论上的概率时间确实会出现在实际当中。目前对20B/501Y.V1和20C/501Y.V2的致病性和免疫逃逸尚无定论，有研究表示20B/501Y.V1的Ct值降低，也检测到了病毒载量升高，可能提示对致病性有影响，但还没有明确的证据，甚至就连传染性的增加目前为止也还没有明确的实验证据，坐等后续。
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狗仔卡
发表于 2020-12-30 14:59:21
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